A Escola de Aplicação desenvolve diversos projetos pedagógicos ao longo do ano letivo. Muitos deles são organizados a partir da articulação de diferentes disciplinas e áreas do conhecimento. Entretanto, alguns temas de caráter transversal estão tão fortemente vinculados aos princípios e objetivos da Escola que grupos de trabalho específicos se dedicam continuamente a pesquisar e elaborar propostas formativas para todos os alunos da EA ao longo de sua escolaridade.